Appleから通知が送られている通り、汚染されたXCode(XCode Ghost)によってマルウェアを埋め込まれたアプリがApp Storeで多数見つかったようです。念のため、各自でXCodeが適切なバージョンが検証した方が良いと思います。
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http://japanese.engadget.com/2015/09/20/app-store-xcodeghost/
https://developer.apple.com/news/?id=09222015a
検証用コマンド
実行には数分かかるので、気長に待ってください。
spctl --assess --verbose /Applications/Xcode.app
App Storeからダウンロードした場合
/Applications/Xcode.app: accepted
source=Mac App Store
Apple開発者サイトからダウンロードした場合
/Applications/Xcode.app: accepted
source=Apple
/Applications/Xcode.app: accepted
source=Apple System
結果がacceptedにならない場合には、XCodeを再ダウンロードしてプロジェクトをビルドしなおしてください。
ただし、古いXCodeについては、この方法では検証できないようです。詳しくはコメント欄参照。