6/10 追記

6/10 現在、 homebrew でインストールされる fish のバージョンが 2.6.0 になったので、この問題は発生しなくなりました。
よかった、よかった

$ brew info fish
fish: stable 2.6.0 (bottled), HEAD
User-friendly command-line shell for UNIX-like operating systems
https://fishshell.com
/usr/local/Cellar/fish/2.5.0 (864 files, 6.4MB)
  Poured from bottle on 2017-05-28 at 00:02:45
/usr/local/Cellar/fish/2.6.0 (886 files, 6.7MB) *
  Poured from bottle on 2017-06-06 at 11:57:13
/usr/local/Cellar/fish/HEAD-352cea1 (878 files, 6.9MB)
  Built from source on 2017-06-06 at 11:55:48
/usr/local/Cellar/fish/HEAD-9236e27 (878 files, 6.9MB)
  Built from source on 2017-05-29 at 11:09:18
From: https://github.com/Homebrew/homebrew-core/blob/master/Formula/fish.rb
==> Dependencies
Required: pcre2 ✔
==> Caveats
You will need to add:
  /usr/local/bin/fish
to /etc/shells.

Then run:
  chsh -s /usr/local/bin/fish
to make fish your default shell.

macOS 上の windowed Emacs で exec-path-from-shell を使っていたら表題のエラーに遭遇。

https://github.com/syl20bnr/spacemacs/issues/4755
https://github.com/purcell/exec-path-from-shell/issues/43

を見て、config.fish 上の eval xxxx を xxx | source に変更してみたり、 exec-path-from-shell のコードをデバッグしてみたが解決せずに困っていた 😰

エラー時の環境

tool	version	備考
emacs-mac	emacs-25.2-z-mac-6.4	`$ brew install emacs-mac` でインストールしたもの
fish	2.5.0	`$ brew install fish` でインストールした stable なもの
exec-path-from-shell	1.11	use-package 経由で melpa-stable からインストールしたもの

解決方法

fish の HEAD をインストールするとあっけなく解決...

fish-shell リポジトリ上では解決したみたいだけど release 版には取り込まれてなかったみたい

$ brew install fish --HEAD

情報参照元

https://github.com/oh-my-fish/plugin-virtualfish/issues/3#issuecomment-293818951
https://github.com/fish-shell/fish-shell/issues/3809

今回の教訓

本家の Issue はちゃんと隅々まで読みませう。