以下のフォルダ構成でprotoフォルダで以下のコマンドを実行します。
root/
├ proto/
└ pb/
protoc --go_out=. --go_opt=paths=source_relative --go-grpc_out=. --go-grpc_opt=paths=source_relative user.proto
そうすると、protoフォルダにuser.pbファイルが出力されてしまいます。user.pbをpbフォルダに出力するには以下のコマンドを実行する必要があります。
protoc --go_out=../pb --go_opt=paths=source_relative --go-grpc_out=../pb --go-grpc_opt=paths=source_relative user.proto