標準入力が意味不明だったのでまとめてみます。
シンプルに一行だけの場合
入力例 100
test.php
$a = trim(fgets(STDIN));
//$aに100が入る
一行でスペースまじりの場合
入力例 100 200
test.php
fscanf(STDIN,"%d %d",$a,$b);
//$aに100,$bに200が入る
//文字列の場合
fscanf(STDIN,"%s %s",$a,$b);
値を配列に入れてくパターン(二行とか)
入力例 100
100
test.php
//空の配列を用意
$array = [];
$i=0;
while($i<=1){
//配列の後ろに一つずつ追加
array_push($array,trim(fgets(STDIN)));
$i++;
}