git filter-branch -f --index-filter 'git rm --ignore-unmatch ファイル名' HEAD
コミット履歴から削除したいファイル名の指定。
git push --force origin master
このコマンドで削除したいファイルを指定していけば、github上の指定ファイルだけコミット履歴から消えます。便利。助かった。
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