JSON か YAML どっちを使うべきだろう、となったときの個人的な判断基準。現実には様々な制約があったりするので必ずしもこの基準に従うのが良いとは限らないが、目安にはなると思う。

JSON

機械: read & write
人間: read-only

人間が読むこともあるが、編集はしなくて済むような用途が向く。Web API の応答などはおおむねこの性質を持ち、事実広く採用されている。デバッグ時や緊急対応時には、テキストエディタで人間が編集する道も残されているのがテキストフォーマットである JSON の利点である。

YAML

機械: read-only
人間: read & write

主に人間が作成や編集を行い、機械は読むだけといった用途に向く。翻訳定義のような静的データや、アプリケーションの設定ファイルなどは JSON よりも YAML が良い。機械から書き出す場合は、最初に雛形を生成するだけに留めるのが無難である。

TOML

機械: read-only
人間: read & write

TOML は利用経験が浅いためあまりはっきりしたことは言えないが、ほぼ YAML と同等の用途と思って良さそうである。 YAML よりもいくらかシンプルで、人間が編集するという観点ではこちらの方が若干やりやすい。後発なだけに言語やライブラリのサポートはまだこれからといった印象だが、環境が整っているなら YAML の代わりにこちらを採用しても良さそうだ。ただ YAML 特有の機能を利用したいのであれば自然と YAML になるだろう。

機械も人間も read & write な用途には何が良いか

JSON を採用の上、人間が編集するためのインターフェースを用意し、実際にファイルを編集するのは機械とすることで、人間側の write 需要をできるだけ減らすのが最も無難だと思う。人間用のコメントが欲しければ、コメントも JSON 構造の中に含めてしまうという策がある。

YAML も検討の余地はあるが、機械が編集する際に人間のための表現（コメントなど）が失われたりしないように気を付ける必要がある。

TOML に関しては経験が浅くなんとも言い難いが、こちらも YAML 同様、機械での編集時に人間のための表現が壊れる可能性が高そうに見えるのが懸念点だ。