公式のリリース内容

Automatic TLS certificates via Let's Encrypt
Built-in support for graceful shutdown
Utility functions to wrap standard handler and middleware
Map type as shorthand for map[string]interface{}
Context now wraps standard net/http Request and Response
New configuration
- Echo#ShutdownTimeout
- Echo#DisableHTTP2
New API
- Echo#Start()
- Echo#StartTLS()
- Echo#StartAutoTLS()
- Echo#StartServer()
- Echo#Shutdown()
- Echo#ShutdownTLS()
- Context#Scheme()
- Context#RealIP()
- Context#IsTLS()
Exposed the following properties instead of setter / getter functions on Echo instance:
- Binder
- Renderer
- HTTPErrorHandler
- Debug
- Logger
Enhanced redirect and CORS middleware
Dropped static middleware in favor of Echo#Static
Dropped API
- Echo#Run()
- Context#P()
Dropped standard Context support
Dropped support for fasthttp
Dropped deprecated API
Moved Logger interface to root level
Moved website and recipes to the main repo
Updated docs and fixed numerous issues

具体的には何が変わったのか？

engineパッケージの廃止

// 旧 (httpの場合)
err := e.Run(standard.New(addr))

// 旧 (fasthttpの場合)
err := e.Run(fasthttp.New(addr))

// 新
err := e.Start(addr)

standardかfasthttp（もしくは個々で作ったカスタムengine）を選べましたが、fasthttpが使われておらず、普通のhttpさえあれば十分だろうということで、engineが廃止されました。
これによってよりシンプルになりました。

公式リリースの該当箇所

Dropped standard Context support
Dropped support for fasthttp

Graceful Shutdownの提供

注記：
最新のmasterでGraceful Shutdownが撤去されました。
Built-inのものを使えるのは、v3.0.3までとなります。

// 旧
e := echo.New()
eng := standard.New("localhost:8080")
eng.SetHandler(e)
hd := &httpdown.HTTP{
    StopTimeout: 10 * time.Second,
    KillTimeout: 1 * time.Second,
}
if err := httpdown.ListenAndServe(eng.Server, hd); err != nil {
    panic(err)
}

// 新
e := echo.New()
e.ShutdownTimeout = 30 * time.Second
e.Logger.Fatal(e.Start(":1323"))

Graceful Shutdownを適用させる場合、v2までは外部のパッケージを使用する必要がありましたが、これが内包されたことによって、その実装をする必要はなくなりました。
多くのAPIが実装されましたが、ほとんどはここに関連するものです。
その反面、この機構を外出しはできなくなったので、サードパーティをサーバのスタート・シャットダウンの処理に噛ませることもできなくなりました。
ちなみにGraceful Shutdownに使われてるパッケージは github.com/tylerb/graceful です。

公式リリースの該当箇所

Built-in support for graceful shutdown
New API
- Echo#Start()
- Echo#StartTLS()
- Echo#StartAutoTLS()
- Echo#StartServer()
- Echo#Shutdown()
- Echo#ShutdownTLS()
Dropped API
- Echo#Run()
- Context#P()

SSL証明書（TLS）の自動発行

e := echo.New()
e.StartAutoTLS(":443")

StartAutoTLSでサーバを立てた場合、Let's Encryptを利用して証明書を自動取得し、適用します。

公式リリースの該当箇所

Automatic TLS certificates via Let's Encrypt

static middleware の廃止

// 旧
e := echo.New()
e.Use(middleware.Static("/static"))

// 新
e := echo.New()
e.Static("/static", "assets")

静的ファイルのルートを指定する場合はmiddlewareで指定する必要がありましたが、
通常のハンドラと同じような感じで指定できるようになったため廃止されました。

公式リリースの該当箇所

Dropped static middleware in favor of Echo#Static

HTTPまわりの独自実装を廃止、net/httpを使用

何か良くなったというよりメンテナンスをしやすくしたという感じかもしれません。
何でもかんでも実装だと改修が大変ですから

Query

// 旧
values := c.Request().URL().QueryParams()

// 新
values := c.Request().URL.Query()

RequestURI

// 旧
values := c.Request().URI()

// 新
values := c.Request().RequestURI