ターミナルのカラー設定も Solarized にしているのですが、
色設定がターミナルと Vim で重なってしまい、
ターミナルで見づらい色を変更すると、Vim の色が大変なことになってしまっていました。
なんとなく GVim 使って回避してたりもしたのですが。
ちゃんと設定しないといけなかった！
g:solarized_termtrans=1
よく読みましょう...
https://github.com/altercation/vim-colors-solarized/blob/master/README.mkd