PowerShellを使用すればIISのあらゆる操作がコマンドで実行可能です。
環境構築の自動化・効率化に是非活用してください。

IISでアプリケーションとは別に「仮想ディレクトリ」を作成したい場合は以下のコマンドで実現できます。

New-WebVirtualDirectory 
    -Site "Default Web Site"           #サイト名
    -Application "yourApp"             #アプリケーション名
    -Name "virtualDir"                 #仮想ディレクトリ名
    -PhysicalPath "C:\inetpub\realDir" #実フォルダのパス
    -Force                             #確認なしで実行

「http://◯◯◯◯/yourApp/virtualDir」という仮想ディレクトリが作成されます。
コメントを記載するため改行しましたが、一行で書くほうが好みです。

参考：公式ドキュメント
https://docs.microsoft.com/ja-jp/powershell/module/webadministration/new-webvirtualdirectory?view=windowsserver2019-ps&viewFallbackFrom=win10-ps