PowerShellを使用すればIISのあらゆる操作がコマンドで実行可能です。
環境構築の自動化・効率化に是非活用してください。
IISでアプリケーションとは別に「仮想ディレクトリ」を作成したい場合は以下のコマンドで実現できます。
New-WebVirtualDirectory
-Site "Default Web Site" #サイト名
-Application "yourApp" #アプリケーション名
-Name "virtualDir" #仮想ディレクトリ名
-PhysicalPath "C:\inetpub\realDir" #実フォルダのパス
-Force #確認なしで実行
「http://◯◯◯◯/yourApp/virtualDir」という仮想ディレクトリが作成されます。
コメントを記載するため改行しましたが、一行で書くほうが好みです。