初めに

原因がわかってないのでもしかすると間違っているかも知れません。
間違いが合った場合指摘していただけると幸いです。

結論

$ git cherry-pick <commit-id>

で任意のcommitとマージが出来る。
このcommitの前後は完全に無視してマージされるので、例えばこのcommitの後にdeleteされたファイルでもそのdeleteを無視してマージしてくれる。
なのでとりあえず原因がわかってなくてももとに戻すことができた。
(cherry-pickの意味はつまみ食い）

状況

commit(8752bdd9)のときにcommitしたファイルがcommit(52f9240e)のときには消えてしまっていた。（おそらくどこかでdeleteされた）
直しようがなかったので git cherry-pick 8752bdd9したら治った。