やりたいこと
ディレクトリに含まれる連番付きのtif画像をまとめて開いてnapariで見たい。Image Jで言うところの「Open Image Sequence」。
コード
visualize_tif_sequence.py
import glob
import napari
import numpy as np
from skimage import io
dir_name = "./data"
file_names = glob.glob(dir_name + "/*.tif")
stack = np.array([io.imread(file_name) for file_name in file_names])
viewer = napari.view_image(stack)
napari.run()
ポイント
連番付きの画像ファイルをnumpy配列に格納する
stack = np.array([io.imread(file_name) for file_name in file_names])