eclipceの基本機能にあるインポートとエクスポート
拡張子は「war」ファイルで作られます。
warをエクスポートする際にコンパイルされるのか、エクスポートしたwarファイルをインポートすると「.java」のファイルは「.class」に変更される。
コンパイルの再に不要な物は消されるのか、コメントが無くなったり、コードが変わったり（効率化？）する。
そんでもって保存先も変わります。
「.java」は「Javaリソース/src」に保存するのかと思いますが
warファイルをエクスポートしてインポートすると「.java」は「.class」にコンパイルされて
「javaリソース/ライブラリー/Web Appライブラリー/importedClasses」に移動します。
元PHPエンジニアとしては良く分からん特徴的な動きなのでちょっと躓きました。
これから更にJavaの世界に足を踏み入れていくのですが…難しいっすね。