RubyのCLIの開発を支援するライブラリである thor は
デフォルトで引数不足などの異常終了時に status 0 を返却します。

これは thor の exit_on_failure メソッドが false を固定で返却していることによります。
そのため、このメソッドを true でオーバーライドすることによって 1 を返却するように
変更することができます。

class HogeCommand < Thor
  class << self
    def exit_on_failure?
      true
    end
  end

  desc 'hoge', 'hoge command'
  def hoge
    puts "hoge"
  end
end

Thor 本体の Issue

Thor の Issue でこの問題は起票済みで、2017/01/13現在未修正であるようです。

Ok, so we bump the major version of Thor, and put it in the changelog. That's what semantic versioning is for, right?

メジャーバージョンアップで修正されるとのことなので version 1 になったら修正されるのかな？
（現在は version 0.19.4）

Returns exit 0 when a required argument is not provided - issue 244 - erikhuda/thor - GitHub

外部資料

Thorで終了ステータス 1 で終了する - Qiita