NRRDファイルの読み込み

NRRD(Nrrd,nrrd):Nearly Raw Raster Data

NRRDは、N次元ラスターデータ(Rasterデータは、画像を構成する基礎的なデータ定義部分のこと)を含む科学的な視覚化と画像処理をサポートするように設計されたライブラリとファイル形式です。 Nrrdは「ほぼ生のラスターデータ」の略です。
書き込みのエンコード時は、エンディアン（リトル or ビッグエンディアンですね、バイトを上から読むか下から読むかの違いです）を明示して、raw、ascii、hex、またはgzipまたはbzip2で圧縮できます。

NRRDを読み込むライブラリ（python）

1.pynrrd

2.SimpleITK（pythonでバイオイメージングデータの読み書きは最強かもしれない）

SimpleITKはNRRDだけでなくDICOMやNifti（.nii）ファイルも難なく読み込めます。

サンプル（読み込み）

• pynrrd

インストール

!pip install pynrrd

サンプル読み込みコード

import numpy as np
import nrrd
ndimage, header = nrrd.read('path/to/.nrrd', index_order='C')#ndarrayを取得

#index_orderはC-order (‘C’) or Fortran-order (‘F’)が指定できます。
#横に読む(C)か縦に読む(F)かの違いです。
#3Dの場合は(x, y, z)はFortran-order (‘F’)、(z, y, x)の場合はC-order (‘C’)を使う。

• SimpleITK

インストール

#SimpleITK
!pip install SimpleITK

サンプル読み込みコード

import numpy as np
import SimpleITK as sitk

image = sitk.ReadImage("path/to/nrrd")
ndimage = sitk.GetArrayFromImage(image)#ndarrayを取得

以上です。

Visionary Imaging Services, Inc.