JavaFXでショートカットキーを設定する場合は、Accelerratorに「Shortcut+C」などと設定するとよい。
Windowsでは「Ctrl+C」、OS Xでは「Command+C」として表示されるのでOS毎の違いを気にしなくてよくなる。

コードで書く場合は以下のようにする。

keyCombination.java

KeyCombination copyKey = KeyCombination.valueOf("Shortcut+c");
copyMenu.setAccelerator(copyKey);