vue1.0からvue2.0の移行は結構大変なのでメモっておきます。絶賛移行中なので随時更新していく予定です。
ここではプラグインもvueに含まれることとします。

webpackに調整が必要

module.exports内に以下の記述が必要。

webpack.config.js

  resolve: {
    alias: {
      vue: 'vue/dist/vue.js'
    }
  },

処理が、 standalone build と runtime-only build に分離されているようで上記設定が必要。
参考：http://bouzuya.hatenablog.com/entry/2016/09/23/235959

ライフサイクルの変更

readyしかほぼ使ってなかったのでmountに差し替えるだけで良かったのですが、色々使ってたらつらそう。
beforeUpDateとupdatedが2で追加。

v-htmlのみになったので差し替える必要があります。
WYSIWYGエディタとかMarkdownを使っている場合差し替えが必要です。

vue-routerは1の挙動だとrouteオブジェクト内のactiveやdeactive、readyなどでうまいことやる仕組みだったのですが、大幅に変更されています。
ここが結構書き換えのつらいポイントだと思います。

ルート単位での処理が追加されました。これによりURLに応じた処理が可能になります。
コンポーネント内ガードは今までと同じようにコンポーネント内に処理を書きますが、route内に生やすようなものではなくなっています。

export default {
  route: {
    activate: function(transition) {
      // 処理
      transition.next();
    }
  }

export default {
  beforeRouteEnter (route, redirect, next) {
   //処理
   next();
  }
}

v-linkも変更されたりしてるのでドキュメントを読みましょう。

vuex@next、vue-resourceは今のところ問題なし。

エイヤっとvue1.0で使ってるやつを色々アップデートしてwebpack２にしたらビルドできなくなったりしたので、webpack→webpack2の仕様変更もチェックしたほうが良いかもしれません。