Codex appの左側のパネルの表示がおかしくなったので解決までメモ

目的

Codex Desktop で、プロジェクトのディレクトリ名変更・移動後に左側の Thread 表示がおかしくなった場合の復旧メモ。結構詰まったので、諸々Codexにまとめさせた。今後、仕様が変わるかもなので参考程度に。

背景

ローカルの作業ディレクトリ配下にプロジェクトが増えてきたため、カテゴリ別にディレクトリ移動・リネームを行った。

まず、移動・リネームによって、Codex Desktop 側が保持している古い作業ディレクトリとの紐付けがずれた。その結果、左側の Project / Thread 表示で以下のような問題が起きた。

• 以前は左側に出ていた Project や Thread が消えた
• Current working directory missing と表示される Thread が出た
• 移動後のディレクトリを Project として開いても、過去 Thread が自然に紐付かない
• 今回移動していないはずの Project でも Thread 表示が極端に減ったように見えた

そこで、Codex 側で保持しているディレクトリ名・パスの紐付けを合わせるために、session JSONL 内の cwd や Codex DB 側の threads.cwd を移動後のパスへ修正した。

しかし、それだけではなかなか元の表示に戻らなかった。さらに、session JSONL を一括修正した副作用で、ファイルの mtime が同じ時刻に寄ってしまい、一部 Project では古い Thread が一斉に「1h前」のような同じ時刻で表示され、並び順も不自然になった。

つまり、今回の不整合は「ディレクトリ移動・リネームだけ」で起きたものではない。移動後の cwd のズレに加えて、そのズレを Codex 側で帳尻合わせしようとした作業により session JSONL の mtime が変わったことも、表示の乱れに影響していた可能性が高い。

最終的には、cwd のズレだけでなく、session JSONL の mtime や Codex Desktop 側の表示キャッシュ/再スキャン状態も関係していそうだとわかった。

今回の問題では、Thread データ自体は失われていなかったが、以下の整合性が崩れて左側の Project / Thread 表示が不自然になった。

• Codex DB 側の cwd
• Codex の Project 登録パス
• session JSONL のファイル更新時刻 mtime
• Codex Desktop 側の表示キャッシュ / 再スキャン状態

次回同じような状態になったとき、同じデバッグを繰り返さないために残す。

Codex が見ていそうな主な場所

SQLite DB

~/.codex/state_5.sqlite

特に重要なテーブル/カラム:

threads.id
threads.cwd
threads.updated_at_ms
threads.rollout_path
threads.archived
threads.pinned

threads.cwd が古いディレクトリを指していると、移動後の Project に Thread が自然に出てこない可能性がある。

Global State

~/.codex/.codex-global-state.json

Codex Desktop 左側の Project 登録パスに関係している。ディレクトリ移動後、ここに古いパスが残っていると Project の表示や紐付けが壊れる可能性がある。

Session JSONL

~/.codex/sessions/**/*.jsonl

各 Thread の実体ログ。JSONL 内にも cwd が入っている。

重要な注意:

JSONL を書き換えると、ファイルの mtime が現在時刻になる。Codex Desktop は Thread の並び順や最近表示で、この mtime も見ている可能性が高い。

そのため、JSONL を一括修正した後に mtime を戻さないと、古い Thread が全部「1h前」など同じ時刻に見えたり、左側の並び順や表示件数が崩れることがある。

今回わかったこと

Thread データは基本的に消えていなかった

左側に出なくなった Thread も、DB / JSONL には残っていた。左側に表示されていないだけだった。

open codex://threads/<id> は復旧手段として不安定

Terminal で以下を実行しても、Codex ロゴの画面で止まって開かない Thread があった。

open 'codex://threads/<thread-id>'

一方で、開ける Thread もあった。復旧手段としては信頼しすぎない方がよい。

Pin -> Unpin は有効な再表示トリガー

ある Thread を pin すると左側に出る。そこで unpin すると、Project が左側に Import 済みの場合は、その Project 配下に残ることがある。

確認できた挙動:

• Project が左側に Import 済みなら、Pin -> Unpin で Thread が Project 配下に復活することがある
• Project が左側に Import されていない場合、Pin -> Unpin しても Project 自体は自然には出てこない

つまり、Project を先に Import してから、必要な Thread を Pin -> Unpin するのが現実的。

mtime を戻したら表示がかなり正常化した

JSONL の cwd 修正時に、session ファイルの mtime が一括で同じ時刻に変わった。

その結果、一部 Project で古い Thread が一斉に「1h前」扱いになり、表示順が壊れた。

state_5.sqlite の threads.updated_at_ms に合わせて JSONL の mtime を戻したところ、複数 Project の左側表示がかなり復活した。

推定:

• Codex Desktop は DB の updated_at_ms だけでなく session JSONL の mtime も表示/再スキャン/キャッシュ更新に使っている可能性がある
• mtime が不自然に同時刻化すると、Project/Thread の表示が乱れる
• mtime を本来の更新日時に戻すと、表示インデックスが再評価されて整合性が回復することがある

安全な復旧手順

1. まずバックアップ

最低限、以下をバックアップする。

~/.codex/state_5.sqlite
~/.codex/.codex-global-state.json
~/.codex/sessions/**/*.jsonl

バックアップ先の例:

~/.codex/path-migration-backups/<timestamp>-pre-migration-files.tgz
~/.codex/path-migration-backups/<timestamp>-sqlite-global-state-fix/
~/.codex/path-migration-backups/<timestamp>-restore-session-mtimes/

2. DB の cwd を確認

例:

sqlite3 ~/.codex/state_5.sqlite \
  "select cwd, count(*) from threads group by cwd order by count(*) desc;"

存在しない古いパスが残っていないか見る。

3. Project 登録パスを確認

python3 -m json.tool ~/.codex/.codex-global-state.json

左側に出したい Project のパスが、移動後の正しいパスになっているか見る。

4. JSONL 内の cwd を必要な分だけ修正

~/.codex/sessions/**/*.jsonl 内の cwd を古いパスから新しいパスへ変える。

注意:

この操作で JSONL の mtime が変わる。後で必ず mtime を DB の updated_at_ms に戻す。

5. SQLite の threads.cwd を修正

threads.cwd も古いパスから新しいパスへ変える。

重要:

updated_at_ms は触らない。Thread の本来の更新日時として保持する。

6. JSONL の mtime を DB の updated_at_ms に戻す

JSONL を編集した後は、threads.rollout_path と threads.updated_at_ms を使って、session ファイルの mtime を戻す。

考え方:

• threads.rollout_path が存在する
• パスが ~/.codex/sessions/ 配下
• threads.updated_at_ms がある
• JSONL の mtime が一括編集時刻になっている
• mtime が DB の updated_at_ms より不自然に新しい

この条件に合うものだけ os.utime() で戻す。

確認用の例:

python3 - <<'PY'
import sqlite3, os, datetime
from pathlib import Path

db = Path.home() / '.codex/state_5.sqlite'
sessions = Path.home() / '.codex/sessions'

conn = sqlite3.connect(db)
rows = conn.execute("""
    select id, cwd, updated_at_ms, rollout_path
    from threads
    where rollout_path is not null and updated_at_ms is not null
""").fetchall()
conn.close()

large = []
for tid, cwd, updated_ms, rollout_path in rows:
    p = Path(rollout_path)
    if not p.exists():
        continue
    try:
        p.relative_to(sessions)
    except ValueError:
        continue
    mtime = p.stat().st_mtime
    db_time = updated_ms / 1000
    if mtime - db_time > 3600:
        large.append((mtime - db_time, tid, cwd, db_time, mtime, str(p)))

print('remaining_large_diff_over_1h', len(large))
for diff, tid, cwd, db_time, mtime, path in sorted(large, reverse=True)[:20]:
    print(
        tid,
        'diff_h=', round(diff / 3600, 1),
        'db=', datetime.datetime.fromtimestamp(db_time).strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'),
        'mtime=', datetime.datetime.fromtimestamp(mtime).strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'),
        cwd,
    )
PY

remaining_large_diff_over_1h 0 なら、少なくとも不自然に新しい mtime は残っていない。

復旧後の確認

Codex Desktop で以下を見る。

• 左側の Project が正しいパスで出ているか
• Project を開いたとき、その Project の過去 Thread が自然に出るか
• 古い Thread が全部同じ「1h前」などになっていないか
• 大きい Project で Thread が極端に減っていないか

必要なら Codex Desktop を再起動する。

まだ左側に出ない Thread がある場合:

1. 対象 Project を左側に Import する
2. 対象 Thread を Pin する
3. 左側に出たら Unpin する
4. Project 配下に残るか確認する

次回の重要な教訓

ディレクトリ移動後に Codex Thread の cwd を直す場合は、以下をセットでやる。

1. ~/.codex/sessions/**/*.jsonl の cwd を直す
2. state_5.sqlite の threads.cwd を直す
3. .codex-global-state.json の Project パスを直す
4. JSONL の mtime を threads.updated_at_ms に戻す

特に 4 が重要。

JSONL の中身だけ正しくても、mtime が一括更新時刻のままだと Codex Desktop の左側表示・並び順・最近表示が壊れる可能性がある。