一昔前に書いたメモが見つかったので、Qiitaに上げておきます。
当時の事はあまり覚えてないので、ほとんどメモのままですが...

きっかけ

上司「証明書と鍵の交換しといてー、これ使ってね」

****.key
****.crt
****.inca

わい「うぃす(やり方知らんけど、聞くのもあれだし、自分で調べながらやろう)」

手順

1. 何のWebサーバを使っているのか特定する

Webサーバによって、証明書を解釈するアルゴリズムが違うらしい。(Apache、Nginx、Glassfish...)
なので、何のWebサーバを使っているのか特定する必要がある。

ざっくりと説明すると、

証明書を使っているという事はHTTPS通信をしていると
HTTPSはポート番号=443
LISTEN状態のポート一覧を表示して、ポート番号=443を探し、Program nameを確認する

Linuxの場合、以下のコマンドを叩き、LISTEN状態の一覧を表示する。
以下の場合だと、nginxを使っている事が確認できる。

$ netstat -tanp
Active Internet connections (servers and established)
Proto Recv-Q Send-Q Local Address               Foreign Address             State       PID/Program name
	(････省略････)
tcp        0      0 0.0.0.0:443                 0.0.0.0:*                   LISTEN      1113/nginx
	(････省略････)

2. 証明書がどこに配置されているか確認する

nginxの場合、デフォルトのインストール先は/etc/nginxであり、基底となる設定はnginx.confとなるため、これを見る。
(インストール先が異なる場合は、そこに移動してください)

$ cd /etc/nginx
$ cat nginx.conf

user  nginx;
worker_processes  1;
error_log  /var/log/nginx/error.log warn;
pid        /var/run/nginx.pid;
events {
    worker_connections  1024;
}
http {
    include       /etc/nginx/mime.types;
    default_type  application/octet-stream;
    log_format  main  '$remote_addr - $remote_user [$time_local] "$request" '
                      '$status $body_bytes_sent "$http_referer" '
                      '"$http_user_agent" "$http_x_forwarded_for"';
    access_log  /var/log/nginx/access.log  main;
    sendfile        on;
    #tcp_nopush     on;
    keepalive_timeout  65;
    #gzip  on;
    include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
}

ここには証明書に関する設定はないようだ。

設定ファイルの中にinclude /etc/nginx/conf.d/*.conf;と書かれている。
「別の設定ファイルも読み込んでますよ〜」という意味なので、そちらも見てみる。

$ cat conf.d/*.conf

(････省略････)
server {
	(････省略････)
	ssl on;
	ssl_protocols  TLSv1 TLSv1.1 TLSv1.2;
	ssl_certificate     /home/nginx/certificate/********.pem;
	ssl_certificate_key /home/nginx/certificate/********.key;
	(････省略････)
}
(････省略････)

見つけた。
.pemファイルが、証明書。
.keyファイルが、秘密鍵or公開鍵となる。

なので、ここに証明書が配置されている事が確認できる！！！やったねたえちゃん！！！

3. 証明書の差し替え

さて、場所も分かったので証明書を差し替えよう。

まずは、配置先まで移動。

$ cd /home/nginx/certificate/

思い出した。
上司からもらった証明書と鍵は.key、.crt、.inca
差し替える対象の証明書と鍵は.key、.pem

一致しない.....
どういう事なの..........

調べてみると、こういう事らしい。

.crtは証明書
.incaは中間証明書

更に調べてみると、.pemはこうやって作るらしい。

.pemの空ファイルを作る
.crtをテキストエディタで開いて、そのまま貼り付ける
改行をかます
.incaテキストエディタで開いて、そのまま貼り付ける

以上。