こちら(https://qiita.com/tanakah/items/068e232b9dbba67d09b7) の手順で、一応はmsix形式のインストーラを作成することができましたが、その後内容を整理したので、その簡略化した手順を覚書としておいておきます。
※ 詳細な手順、内容はMicrosoftの公式文書をあたってください
※ Windows10で、Windows10/11用のデスクトップアプリのmsixを作成したときの作業に基づきます。

1. 構成ファイルのツリーを作成する

XXXX -> 構成ファイルのルートフォルダー
YYYY.exe -> インストールする実行ファイル

とするとき、XXXX 以下が、一意な名前を頭につけてProgram Files\WindowsAppsにコピーされるので、たとえば

XXXX\VFS\ProgramFilesX64\YYYY\YYYY.exe

とした構成ファイルのツリーを作成しておきます。(Program Files\YYYY\YYYY.exeのリダイレクト先がProgram Files\WindowsApps\一意な名前\VFS\ProgramFilesX64\YYYY\YYYY.exeとなる)

そして次にアイコンファイルをVFS\Assetsフォルダー内に収めます。
最低限必要なファイルは、

XXXX\Assets\StoreLogo.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-16.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-16_altform-lightunplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-16_altform-unplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-24.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-24_altform-lightunplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-24_altform-unplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-32.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-32_altform-lightunplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-32_altform-unplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-48.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-48_altform-lightunplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-48_altform-unplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-64.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-64_altform-lightunplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-64_altform-unplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-256.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-256_altform-lightunplated.png
XXXX\Assets\Square44x44Logo.targetsize-256_altform-unplated.png
XXXX\Assets\Square150x150Logo.png

unplatedのアイコンファイル(ライトモード用,ダークモード用)が必要になります。

2. AppXManifest.xmlの作成

既存のファイルのコピペから、こんな感じに作成しておきます。
Identity Versionには、インストーラのバージョンを記述します。
Publisherの名前をZZZZとしています。
また、1.で作成したアイコンファイルをVisualElementsに記述して指定します。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<Package
  xmlns="http://schemas.microsoft.com/appx/manifest/foundation/windows10"
  xmlns:uap="http://schemas.microsoft.com/appx/manifest/uap/windows10"
  xmlns:rescap="http://schemas.microsoft.com/appx/manifest/foundation/windows10/restrictedcapabilities"
  xmlns:uap18="http://schemas.microsoft.com/appx/manifest/uap/windows10/18"
  IgnorableNamespaces="uap rescap uap18" >

  <Identity Name="ZZZZ.YYYY" Publisher="CN=ZZZZ" Version="1.0.0.0" ProcessorArchitecture="x64" />

  <Properties>
    <DisplayName>YYYY</DisplayName>
    <PublisherDisplayName>ZZZZ/PublisherDisplayName>
    <Logo>Assets\StoreLogo.png</Logo>
  </Properties>

  <Resources>
    <Resource Language="en-US" />
  </Resources>

  <Dependencies>
    <TargetDeviceFamily Name="Windows.Desktop" MinVersion="10.0.14393.0" MaxVersionTested="10.0.14393.0" />
  </Dependencies>

  <Applications>
    <Application Id="ZZZZ.YYYY" Executable="VFS\ProgramFilesX64\YYYY\YYYY.exe" 
                 EntryPoint="Windows.FullTrustApplication" uap18:RuntimeBehavior="win32App">

      <uap:VisualElements
        DisplayName="YYYY"
        Description="YYYY"
        Square150x150Logo="Assets\Square150x150Logo.png"
        Square44x44Logo="Assets\Square44x44Logo.png"
        BackgroundColor="transparent" >
      
        <uap:DefaultTile>
          <uap:ShowNameOnTiles>
            <uap:ShowOn Tile="square150x150Logo"/>
          </uap:ShowNameOnTiles>
        </uap:DefaultTile>

      </uap:VisualElements>

    </Application>
  </Applications>
  
  <Capabilities>
    <rescap:Capability Name="runFullTrust" />
  </Capabilities>

</Package>

3. パッケージリソースインデックスファイルを作成する

最初にデフォルトのコンフィグファイルを

MakePri.exe createconfig /cf XXXX\PriConfig.xml /dq en-US

で作成します。2.のAppXManifest.xml内でResource Language="en-US"としたので、en-USを指定。
すると、XXXX\PriConfig.xmlが作成されます。必要に応じて修正してもよいのですが、とりあえずこのままでOK。

つづいて

MakePri.exe new /pr XXXX /cf XXXX\PriConfig.xml /mn XXXX\AppXManifest.xml /of XXXX\resources.pri /o

を実行することで、パッケージリソースインデックスファイルであるresources.priが作成されます。
実行結果例の抜粋は以下。

Resource File: resources.pri
Version: 1.0
Resource Candidates: 28
AlternateForm Qualifiers: LIGHTUNPLATED,UNPLATED
TargetSize Qualifiers: 256,16,24,32,48,64

4. msixファイルの生成

こっから先は、こちら(https://qiita.com/tanakah/items/068e232b9dbba67d09b7) で紹介したMSIX Heroを使用していけばよいでしょう。(コマンドラインで各種ツールを実行して作業してもいいんだろうけど面倒だよね)
自己署名の証明書を作成、登録しておいて、msixファイルに添付してやれば完成。