botkitでのファイルのアップロードには
bot.api.files.upload を用いる。

fs.readFile('hoge.png', function(err,data){
  if(err) throw err;

  bot.api.files.upload({
                    content: data,
                    filename: 'hoge.png',
                    channels: message.channel
                },function(err,res) {
                    if (err) console.log(err)
                })
});

ただし上記の方法で画像ファイルをアップロードしても
plain text としてアップロードされてしまう。

画像ファイルでは以下のように content ではなく file にstream を
渡してあげる必要がある。

bot.api.files.upload({
                    file: fs.createReadStream('hoge.png'),
                    filename: 'hoge.png',
                    channels: message.channel
                },function(err,res) {
                    if (err) console.log(err)
                })

下記コミットにて修正された模様。
https://github.com/howdyai/botkit/commit/2bde51ff5326ccc44b8764ecc3110dac6696ef6c

contentにデータを設定すると通常のformとしてapiを叩くが、
fileにデータを設定するとMultipart form としてapiを叩くようにしているよう。

参考

SlackのBotkitでファイルをアップロードする方法