知らなかったんですが、PSR-2では末尾に改行が必要なようです。

PSR-2 2.2 Files
http://www.php-fig.org/psr/psr-2/#2-2-files

2.2. Files

All PHP files MUST end with a single blank line.

全てのPHPファイルの末尾には空行が必要です。

PRで指摘されたので、早速IntellijIdeaの Editor -> PHP から設定項目を探したけど見つからず困ってたのですが、さすがStackOverflowさん何でも知ってるぜ！

Change your Editor settings:

Settings→Editor→General→Other→Ensure line feed at file end on save.

というわけで、以下の部分を設定することで無事に改行を追加できました。
「PHPファイルのときだけ」とか器用な設定ではないですが、これで十分です。