知らなかったんですが、PSR-2では末尾に改行が必要なようです。
PSR-2 2.2 Files
http://www.php-fig.org/psr/psr-2/#2-2-files
2.2. Files
All PHP files MUST end with a single blank line.
全てのPHPファイルの末尾には空行が必要です。
PRで指摘されたので、早速IntellijIdeaの Editor
-> PHP
から設定項目を探したけど見つからず困ってたのですが、さすがStackOverflowさん何でも知ってるぜ!
How to make Intellij Idea insert a new line at every end of file?
http://stackoverflow.com/questions/16761227/how-to-make-intellij-idea-insert-a-new-line-at-every-end-of-file
Change your Editor settings:
Settings→Editor→General→Other→Ensure line feed at file end on save.
というわけで、以下の部分を設定することで無事に改行を追加できました。
「PHPファイルのときだけ」とか器用な設定ではないですが、これで十分です。