AVSessionのinputsからだとうまく取れない。下記のコードで取得可能。
//VideoCameraはGPUIMageVideoCameraのインスタンス
let output = videoCamera.captureSession.outputs[self.videoCamera.captureSession.outputs.endIndex - 1] as! AVCaptureVideoDataOutput
let setting:NSDictionary = output.videoSettings
let width = (setting["Width"] as! NSNumber).longValue
let height = (setting["Height"] as! NSNumber).longValue
参考
http://stackoverflow.com/questions/18563259/avcapturesession-image-dimensions-with-gpuimage