毎朝6時ぐらいから1〜2時間ほどIO負荷が急上昇していたら、犯人はupdatedb.mlocateかもしれません。
これはファイルを高速に検索するlocateコマンドのためのインデックス作成タスクで、MacでいえばSpotlightみたいなものですね。
ubuntu desktopならともかく、サーバー用途では基本的には不要だと思います。なんでubuntu serverに入ってるのかな...
とりあえず、mlocateを実行しないようにするには、/etc/cron.daily/mlocateを削除すればokです。
完全に削除するには apt-get purge mlocateでok