Vite良いですね。中身を見ていきます

cliからdev serverを起動するとまずこの辺のcli.actionが呼ばれますね。

 .action(async (root: string, options: ServerOptions & GlobalCLIOptions) => {
    filterDuplicateOptions(options)
    // output structure is preserved even after bundling so require()
    // is ok here
    const { createServer } = await import('./server')
    try {
      const server = await createServer({
        root,
        base: options.base,
        mode: options.mode,
        configFile: options.config,
        logLevel: options.logLevel,
        clearScreen: options.clearScreen,
        optimizeDeps: { force: options.force },
        server: cleanOptions(options),
      })

createServer は dynamic import されてます。
その中身はここ

import { isDepsOptimizerEnabled, resolveConfig } from '../config'
...
export async function createServer(
  inlineConfig: InlineConfig = {},
): Promise<ViteDevServer> {
  const config = await resolveConfig(inlineConfig, 'serve')

resolveConfigで設定を解決してます。

で、その中身

import { loadEnv, resolveEnvPrefix } from './env'
...
export async function resolveConfig(
  inlineConfig: InlineConfig,
  command: 'build' | 'serve',
  defaultMode = 'development',
  defaultNodeEnv = 'development',
): Promise<ResolvedConfig> {
...
  // load .env files
  const envDir = config.envDir
    ? normalizePath(path.resolve(resolvedRoot, config.envDir))
    : resolvedRoot
  const userEnv =
    inlineConfig.envFile !== false &&
    loadEnv(mode, envDir, resolveEnvPrefix(config))

ここで loadEnv が呼ばれています。
その中身

import { parse } from 'dotenv'
import { expand } from 'dotenv-expand'
...
export function loadEnv(
  mode: string,
  envDir: string,
  prefixes: string | string[] = 'VITE_',
): Record<string, string> {
...
}

この中で dotenvとdotenvを使ってprocess.envに環境変数を設定しています。