タイトルの通りですが，networkxを使っていると可視化に悩むことがそこそこあります．例えば

ノードに実数値が対応している場合 → ノードの大きさ(s)を変化させる
ノードに離散値が対応している場合 → ノードの色を変化させる

という感じで簡単に区別することができますが，なかなか2次元だけではうまく数値を読みづらいことも多いです．ここではmatplotlibのAxes3Dを利用して，できるだけ手抜きをして可視化をやってみました．例として，関東の県庁所在地の緯度経度を取ってきて，各地点に都道府県の人口が乗っていると考えます．次のように可視化しました．

2次元	3次元

データ

適当に取ってきました (参考: https://www.benricho.org/chimei/latlng_data.html )．接続関係は適当に作りました．間違ってたらすいません．

8,茨城県,36.34139,140.44667,2868041
9,栃木県,36.56583,139.88361,1942312
10,群馬県,36.39111,139.06083,1937626
11,埼玉県,35.85694,139.64889,7337330
12,千葉県,35.60472,140.12333,6279026
13,東京都,35.68944,139.69167,13942856
14,神奈川県,35.44778,139.6425,9200166

実装

Axes3Dを使うのですが，networkxの描画関数nx.drawなどはAxes3Dを渡しても怒られてしまいます．そのためz軸方向のデータを入れて強引に描画することにしています．具体的には

グラフを描いている地点は$z=0$に設定する
ノードに対応している数値を$z$軸で描く

としています．こうして得られた結果が上の図です．