Google Apps Scriptを使って2つの画像を重ね合わせてPDFとしてGoogleドライブに保存させる方法です。以前はHTML canvasが使えないと思っていたのですが、実は使えました。ただし、作成されるPDFには余白があります（この余白は削除できませんでした）。

ちなみに、canvasが使えないと思った頃は、Googleスライドを使って合成していました：

2つの画像を合成してPDFファイルを作成する

以下がコードです。

Code.gs

function toDataUrl(fileId) {
  const blob = DriveApp.getFileById(fileId).getBlob();
  return `data:${blob.getContentType()};base64,${Utilities.base64Encode(blob.getBytes())}`;
}

function combineTwoImages() {
  const baseFileId = '...';
  const stampFileId = '...';
  const baseImage = toDataUrl(baseFileId);
  const stampImage = toDataUrl(stampFileId); 

  // stampの位置とサイズ
  const x = 481;
  const y = 215;
  const width = 100;
  const height = 100;

  const html = `
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
	<meta charset="UTF-8">
	<title>Canvas Example</title>
	<style>
		canvas {
			border: 1px solid black;
		}
	</style>
</head>
<body>
	<canvas id="myCanvas" width="794" height="1123"></canvas>
	
	<script>
		const canvas = document.getElementById('myCanvas');
		const ctx = canvas.getContext('2d');
    const baseImage = new Image();
    const stampImage = new Image();
    baseImage.onload = function() {
      const ratio = Math.min(canvas.width / baseImage.width, canvas.height / baseImage.height);
  		ctx.drawImage(baseImage, 0, 0, baseImage.width, baseImage.height, 0, 0, baseImage.width * ratio, baseImage.height * ratio);

      stampImage.onload = function() {
    		ctx.drawImage(stampImage, ${x} * ratio, ${y} * ratio, ${width} * ratio, ${height} * ratio);
      }
      stampImage.src = '${stampImage}';
    }
    baseImage.src = '${baseImage}';
	</script>
</body>
</html>
  `
  const blob = Utilities.newBlob(html, MimeType.HTML).setName('images.pdf');
  DriveApp.createFile(blob.getAs(MimeType.PDF));
}

このGoogle Apps Scriptのコードは、2つの画像を合成してPDFファイルを作成するためのコードです。コードの概要は以下の通りです。

toDataUrl関数は、GoogleドライブのファイルIDを受け取り、そのファイルのデータURLを返します。
combineTwoImages関数は、2つの画像を合成してPDFファイルを作成するためのコードです。
baseFileIdとstampFileIdは、それぞれの画像のGoogleドライブのファイルIDを表しています。
toDataUrl関数を使用して、2つの画像のデータURLを取得し、baseImageとstampImageに格納します。
x、y、width、heightは、スタンプ画像の位置とサイズを表します。
HTML文字列を生成し、それをPDFファイルに変換してGoogleドライブに保存します。
HTMLには、2つの画像をキャンバスに描画するJavaScriptが含まれています。それぞれの画像のロードが完了したら、ctx.drawImage関数を使用して画像を描画します。baseImageは、画像を最大限に大きくするための比率を計算し、キャンバスに描画されます。stampImageは、指定された位置とサイズで描画されます。