結論

fast-globを使ってroot設定より下のファイルを調べてrollupOptionに突っ込む

input
Type: string | string [] | { [entryName: string]: string }
CLI: -i/--input

vite公式のドキュメントにはオブジェクトで指定されてますが、rollup configのinputの型について調べたところ、配列でも良さそうなため配列で指定

import { Plugin, UserConfig } from 'vite';
import fg from 'fast-glob';

// https://ja.vitejs.dev/config/#root
const generatePathConfig = (root = process.cwd()) => {
  const paths = fg.sync(`${root}/**/*.html`);
  return paths.map((path) => path.replace(root, ''));
};

const resolveMpaConfig = (vitePlugin: UserConfig): UserConfig => ({
  build: {
    rollupOptions: {
      input: generatePathConfig(vitePlugin.root)
    }
  }
})

//https://ja.vitejs.dev/guide/api-plugin.html#規約
export const vitePluginMpa: Plugin = {
  name: 'vite-plugin-mpa',
  config: (vitePlugin, _) => resolveMpaConfig(vitePlugin),
  apply: 'build'
}

/*
vitePluginMpa()として渡したい場合(拡張子指定など今後オプションが増えたらこっち？)
export const vitePluginMpa = (): Plugin  => ({
  name: 'vite-plugin-mpa',
  config: (vitePlugin, _) => resolveMpaConfig(vitePlugin),
  apply: 'build'
})
*/

import { defineConfig } from 'vite';
import path from 'path';
import { vitePluginMpa } from './mpa';

export default defineConfig({
    root: 'src',
    build: {
      outDir: '../dist',
      emptyOutDir: true,
    },
    resolve: {
      alias: {
        '@': path.resolve(__dirname, './src'),
      },
    },
    plugins: [vitePluginMpa]
});

サンプル？
https://github.com/taka1156/p5.js-learning

ちょっとしたLPとかでmpaしたい時に使えるかな

(既にあるやつだと設定項目が多かったので勉強ついでに簡単なやつ書いてみました。)