前提条件：cpanm、dbi、mysqlがイントールされていること

DBIx::QueryLog をインストール

$ cpanm DBIx::QueryLog

使用例１：クラス全体のクエリを出したい場合

use DBIx::QueryLog;

querylog1.pl

use strict;
use warnings;
use utf8;
use DBI;
use DBIx::QueryLog;

my $dbh = DBI->connect('DBI:mysql:hoge_db', 'root', '');
my $sth;

# クエリ１
$sth = $dbh->prepare("SELECT * FROM hoge_table LIMIT ?");
$sth->execute(1);

# クエリ２
$sth = $dbh->prepare("SELECT * FROM hoge_table LIMIT 2");
$sth->execute();

# クエリ３
$sth = $dbh->prepare("SELECT id,name FROM hoge_table LIMIT 2");
$sth->execute();

1;

実行

$ perl querylog1.pl

結果

[2015-05-18T21:58:03] [main] [0.000209] SELECT * FROM hoge_table LIMIT 1 at querylog1.pl line 12
[2015-05-18T21:58:03] [main] [0.000103] SELECT * FROM hoge_table LIMIT 2 at querylog1.pl line 16
[2015-05-18T21:58:03] [main] [0.001153] SELECT id,name FROM hoge_table LIMIT 2 at querylog1.pl line 20

使用例２：一部のクエリを出したい場合

use DBIx::QueryLog ();
DBIx::QueryLog->begin;
ここが出力対象になる
DBIx::QueryLog->end;

querylog2.pl

use strict;
use warnings;
use utf8;
use DBI;
use DBIx::QueryLog ();

my $dbh = DBI->connect('DBI:mysql:hoge_db', 'root', '');
my $sth;

# クエリ１
$sth = $dbh->prepare("SELECT * FROM hoge_table LIMIT ?");
$sth->execute(1);

# クエリ２
DBIx::QueryLog->begin;
$sth = $dbh->prepare("SELECT * FROM hoge_table LIMIT 2");
$sth->execute();
DBIx::QueryLog->end;

# クエリ３
$sth = $dbh->prepare("SELECT id,name FROM hoge_table LIMIT 2");
$sth->execute();

1;

実行

$ perl querylog2.pl

結果

[2015-05-18T22:00:06] [main] [0.000123] SELECT * FROM hoge_table LIMIT 2 at querylog2.pl line 17

おまけ：結果をファイルに出力したい

querylog3.pl

use strict;
use warnings;
use utf8;
use DBI;
use DBIx::QueryLog;

open my $fh, '>>', 'tmp/query.log' or die $!;
$DBIx::QueryLog::OUTPUT = $fh;

my $dbh = DBI->connect('DBI:mysql:hoge_db', 'root', '');
my $sth = $dbh->prepare("SELECT id,name FROM hoge_table LIMIT 1");
$sth->execute();

1;

結果

$ cat tmp/query.log
[2015-05-18T22:05:03] [main] [0.000123] SELECT id,name FROM hoge_table LIMIT 1 at querylog3.pl line 12