https://github.com/jedisct1/dnscrypt-proxy/wiki/Installation-Windows
にあるとおりに行っただけ。詳しくは上記 URL を参照のこと。

dnscrypt-proxy-win64-2.0.23.zip をダウンロードする。

ダウンロードしたものを展開しておく。展開したら win64 ディレクトリができる。

C:\dnscrypt-proxy\ など適当なディレクトリを作って win64 を置く。

PowerShell を起動して、指示されているとおり win64\example-dnscrypt-proxy.toml をコピーして win64\dnscrypt-proxy.toml を作る。

cd win64
cp example-dnscrypt-proxy.toml dnscrypt-proxy.toml

管理者権限の PowerShell 上で実行してみる。エラーメッセージらしきものが出ずに動き続ければとりあえず OK。

cd win64
.\dnscrypt-proxy.exe

Ctrl-C で止めて、今度はサービスとして登録。

.\dnscrypt-proxy -service install

更にサービスを起動する。

.\dnscrypt-proxy -service start

Windows10 のコントロールパネルで、DNS サーバを 127.0.0.1 に変更する。ウェブブラウザなどで名前が解決できることを確認できれば終わり。

dnscrypt-proxy を再起動しなくても dnscrypt-proxy.toml ファイルを書き換えるとそれに合わせて挙動が変化するので

.\dnscrypt-proxy -list

でリゾルバ一覧が出るかどうか、とか

.\dnscrypt-proxy -resolve www.google.com

で名前が解決できるかどうか、とか見ながら修正していけばよい。