はじめに

本記事では、分子可視化ソフトであるVMDの起動時の設定を変更する方法について解説する

ちなみに、VMDについては以下の記事も書いたので参考にしてください。

解説

LinuxとWindowsでファイル名などが微妙に異なるため、分けて解説する

Linuxの場合

./.vmdrc（つまり現在のディレクトリに'.vmdrc'を置いておく）
$HOME/.vmdrc（自分のホームディレクトリに'.vmdrc'を置いておく）
あるいは $VMDDIR/.vmdrc(VMDのインストールディレクトリに.vmdrcを置いておく)

の３つのやり方がある。
ちなみに３つのディレクトリは上に行くほど優先順位が高くなる。

最も手っ取り早いのは、自分のホームディレクトリに'.vmdrc'を置いておくことである。

Windowsの場合

./vmd.rc（つまり現在のディレクトリに'.vmdrc'を置いておく）
$HOME/vmd.rc（自分のホームディレクトリに'.vmdrc'を置いておく）
あるいは $VMDDIR/vmd.rc(VMDのインストールディレクトリに.vmdrcを置いておく)

上の方が優先されるのはWindowsでも同じ

ただし、$HOMEに関しては、Windowsだとホームディレクトリに置くだけだと認識されず、
$HOMEの環境変数を設定する必要があるので少し面倒。

なので、手っ取り早くやりたければ、$VMDDIRにvmd.rcを置くのが良い。

$VMDDIRはインストール時に変更していなければ"C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD"
基本的に既にvmd.rcが存在しており、それを書き換えていけばよい。
ただし、書き換えに管理者権限が必要となるので、面倒くさければVMDのインストールを自分のホームディレクトリの配下などにすると楽かもしれない。

.vmdrcあるいはvmd.rcの中身

VMDを開いた状態で、Main WindowからFile→Log Tcl Commands to Consoleを選択すると、自分が行った操作のTclコマンドをコンソールに吐き出してくれるので、それを.vmdrcに書き込んでいけばよい

例えば、以下のようにする

# main,graphics画面を表示
menu main on
menu graphics on
# 画面の位置を調整
menu main move 5 225
menu graphics move 395 30
# 軸の表示を消す
axes location Off
# PerspectiveではなくOrthographicに
display projection Orthographic
# Depth Cueingを切る
display depthcue off
# 背景を白にする
color Display Background white

これにより、軸も表示されず、白い背景で起動する

参考情報