基本は@Ag_smithさんの記事で良いと思うのですが、つまづく方もいると思うので補足的な情報を書きます。

新しいGPUを使用する場合はDockerfileの修正が必要？

A10や、RTX A6000や、GeForce RTX 3090などCompute Capabilityが8.6のものはCUDA11.0によりサポートされていないので、Dockerfile中のCUDAのバージョン等を変更する必要があるそうです。

上記リンク中の修正内容をDockerfileに反映させればOKです。
なお、Compute Capabilityの値は下記リンクから確認できます。

プロキシ環境の場合

事情があってプロキシを使う必要がある人は以下を実行すると良いのではないでしょうか。

↑の記事の

download_pdb_mmcif.shの実行時にrsyncを実行しますが、プロキシの設定が必要です。

export RSYNC_PROXY=proxy.example.com:8080