Logstash
yaf
super_mediator

super_mediatorを改造せずにlogstashのフィルタで@timestampの値をflows.flowStartMillisecondsにする

pcapファイルをIPfixに変換、ELKで可視化
https://qiita.com/t_umeno/items/999a9f1e76b9cffa1053
の補足です。
上記URLではsuper_mediatorを改造しましたが、
super_mediatorを改造せずに
logstashのフィルタで@timestampの値をflows.flowStartMillisecondsにする事ができます。

matchのフォーマットの部分に

"yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSS"

と書けば変換できます。
下記の例ではsuper_mediator改造して、ISO8601形式に変更した場合も考慮しています。
2018/02/25 追記
timezone としてUTCを指定する様にしました。timezoneを指定しないとOS
で指定したtimezoneで時刻が取り扱われてしまいます。
例:

filter {
    if ([type] == "ipfix") {
        grok {
            match => ["path", "(?<index>yaf.\d{8,14})\.json$" ]
        }
        date {
            locale => "en"
            match => ["[flows][flowStartMilliseconds]", "yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSS", "ISO8601"]
            target => "@timestamp"
            timezone => "UTC"
        }
        date {
            locale => "en"
            match => ["[flows][flowStartMilliseconds]", "yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSS", "ISO8601"]
            target => "[flows][flowStartMilliseconds]"
            timezone => "UTC"
        }
        date {
            locale => "en"
            match => ["[flows][flowEndMilliseconds]", "yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSS", "ISO8601"]
            target => "[flows][flowEndMilliseconds]"
            timezone => "UTC"
        }
    }
}