Dockerコンテナのログをfluentdで扱う時に、今まで/var/lib/docker/container以下をみていたのですが、なんか嫌だなーと思っていたら。Dockerにfluentd用のLoggind Driverが追加されたので使ってみました。
Docker v1.8から使えるみたいですね。とりあえずアップデートします。

sudo apt-get update
sudo apt-get install lxc-docker

ちなみに公式ドキュメントはこちら
http://www.fluentd.org/guides/recipes/docker-logging

あんまりfluentd側の書き方は慣れてないのですが。td-agent.confを編集します。log-collector.hoge.comは仮のログ集約サーバのホストです。

<source>
    type forward
    port 24224
    bind 0.0.0.0
</source>
<match docker.**>
    type forward
    <server>
      host logs.hoge.com
      port 24224
    </server>
</match>

Dockerコンテナ起動時に--log-driverオプションを加えます。

docker run --log-driver=fluentd {イメージ名}

これで、logs.hoge.com（集約サーバ）にコンテナのログが送られます。

こんな感じ

{"log":"log content","container_id":"f7d520f14333a16144748a44c0d0aa2c442b73d6d97a8335ed3b47b7852fa92d","container_name":"/test","source":"stdout"}

docker logsコマンドは使えなくなるみたいですね。

--log-driverでは他に、json-file、syslog、journald、gelfオプションがあるようです。

参考

http://www.fluentd.org/guides/recipes/docker-logging
http://dev.classmethod.jp/cloud/docker-fluentd-logging-driver/