環境

Windows10 home
Godot Engine v3.2.3.stable.mono.official

手順

親ノードに以下スクリプトをアタッチ
実行
デバッグダイアログを閉じる
シーンが保存される

使い道

自動生成ダンジョンなどの保存
インポートした素材などの保存

スクリプト

(例: 子ノードを保存する)
extends Node

func _ready() -> void:
    var child = get_child(0)
    var path = "res://sample/" + child.name + ".tscn" # 指定ディレクトリが存在しなければエラー
    var ps = PackedScene.new()
    ps.pack(child)
    ResourceSaver.save(path, ps)


(例2: 最下層の子ノードを全て保存する)
extends Node

func _ready() -> void:
    for i in range(get_child_count()):
        var child = get_child(i)
        SaveNode(child)

func SaveNode(child: Node) -> void:
    var count = child.get_child_count()
    if (count > 0):
        for i in range(count):
            SaveNode(child.get_child(i))
    else:
        var path = "res://sample/" + child.name + ".tscn"
        var ps = PackedScene.new()
        ps.pack(child)
        ResourceSaver.save(path, ps)

参考