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RSA だと大きいファイルは暗号化できません.
鍵長は 4096 にしておくのが無難でしょうか.

リンクにあるように, PGP でもいいかもですが, 内部的には openssl で処理している?

openssl で AES256(aes-256-cbc?) を使う場合

openssl smime -encrypt -aes256 -in file -binary -outform DEM -out file.enc your.publickey.pem

CBC は暗号強度やや落ちるっぽい?ようです(要検証)

あとはファイルを分割して暗号化という手もあります. Linux で split コマンドでいけます.

Windows だとファイルの結合は type でできます.

Windows でファイル分割の場合は PowerShell のスクリプトを使うことになるでしょうか.

エンコードとデコードはそこそこ時間かかります.

zstd 圧縮は CG や機械学習などのバイナリに有効かどうかは状況によるでしょう(PNG テクスチャだとあまり効果ない)