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Ubuntu 20.04 で NVIDIA GPGPU 計算クラスタを作るメモ

Posted at 2021-04-13

背景

Ubuntu 20.04 で GPGPU(CUDA, OpenCL)計算クラスタを作りたい.
(AMD の場合は取り上げないが, 基本ドライバ関連だけ変えればいけるはず)

USB メモリに ISO いれてインストールします.

Desktop 版では標準では sshd が入っていないので,

$ sudo apt install openssh-server

で sshd 動かして ssh ログインできるようにしておきます.

Ubuntu 20.04 から(?) 裏でなにか CPU, GPU 使っていたとしても問答無用で数分たつと suspend するようになってしまっているので(Desktop 版の場合), suspend, sleep を off にします.

Ubuntu 20.04 + lightdm + NVIDIA driver で一定時間ログインしないと suspend する(解決策あり)
https://qiita.com/syoyo/items/55aeb57074a2bc8a47be

(↑ GPU 関係なくデフォルトでは suspend/sleep しました)

build-essential では cmake, git など入らないので適宜いれる.

$ sudo apt install build-essential
$ sudo apt install cmake git

GPU のファン量などコントロールしたい場合は, nvidia-settings を使う必要がありますが, これには X11 を入れる必要があります.
(headless 環境では動かない)

NVIDIA GPU の X11 headless setup + X11VNC/RDP 接続のメモ
https://qiita.com/syoyo/items/a14fa891b80bb82a4485

あたりを参考にして x11vnc を headless(物理画面出力なし)で動かせるようにします.

CUDA SDK 入れればドライバも入るので, CUDA SDK 入れるのが手っ取り早いでしょうか.

OpenMPI, MPICH お好みで.
とりあえずは OpenMPI がよいでしょうか.

Xubuntu16.04でOpenMPIを使って並列処理をしてみる
https://qiita.com/pochiMasahiro/items/3c0c2828234b3c6a5a44

apt で入れます.

MPICH, OpenMPI 混在させるばあいは, update-alternatives あたりで切り替え, もしくは MPICC など環境変数で mpich 側のコンパイラを指定, でしょうか.

apt でドライバやパッケージ入ります.

NFS or CIFS(Samba) で接続でしょうか.

CIFS の場合は, ユーザー権限で接続できます.

Ubuntu 16.04 or 18.04 で gvfs で samba(cifs) をコマンドラインでユーザ権限でマウントする
https://qiita.com/syoyo/items/8f9cb366c7abe476ad7d