QRコードを含む画像からの読み取りを、zxing を使って行ってみました。
ZXing Android Embedded

void readQrcode(Bitmap bitmap) {
    // Bitmap のサイズを取得して、ピクセルデータを取得する
    int width = bitmap.getWidth();
    int height = bitmap.getHeight();
    int[] pixels = new int[width * height];
    bitmap.getPixels(pixels, 0, width, 0, 0, width, height);

    try {
        // zxing で扱える BinaryBitmap形式に変換する
        LuminanceSource source = new RGBLuminanceSource(width, height, pixels);
        BinaryBitmap binaryBitmap = new BinaryBitmap(new HybridBinarizer(source));
        // zxing で画像データを読み込み解析する
        Reader reader = new MultiFormatReader();
        Result decodeResult = reader.decode(binaryBitmap);
        // 解析結果を取得する
        String result = decodeResult.getText();
        Log.d("readQR", result);
    } catch (Exception e) {
        Log.d("readQR", e.getLocalizedMessage());
    }
}

ファイルから読み込んで Bitmap を取得する部分は省略します！