普通にrunするぶんには、改行コードはLFになる。

$ sudo docker run --rm ubuntu:14.04 echo "test" | cat -e
test$

ForegroundオプションのTTYを有効にすると、CRLFになってしまう・・・。

$ sudo docker run --rm -t ubuntu:14.04 echo "test" | cat -e
test^M$

runコマンドの出力結果をパイプして渡す、evalする場合などは-tオプションを外したほうがいいですね。

試したDockerのバージョン

$ sudo docker version
Client version: 1.6.0
Client API version: 1.18
Go version (client): go1.4.2
Git commit (client): 4749651
OS/Arch (client): linux/amd64
Server version: 1.6.0
Server API version: 1.18
Go version (server): go1.4.2
Git commit (server): 4749651
OS/Arch (server): linux/amd64