Rはテーブルなどの行列になっている情報を読み込むことに長けたソフトウェアでread.table, read.delimを用いてテキストデータを読み込むことが常ですが、異なる行数、列数を持つデータを扱うときはreadLinesが使えます。こちらの記事を参考にしました。読み込んだ後のデータはリスト化しています。

testデータは、GSEAからgene setのsymbolリストを取得しています。


rl <- readLines(con="./c3.all.v5.0.symbols.gmt.txt")　#readlineによる行データの読み込み
gs_list <- list()　　#list準備　

for(i in 1:length(rl)){
	dl <- unlist(strsplit(rl[i], "\t"))　#strsplitでdelimitorとして\tで分割
	gs_list[[dl[1]]] <- dl[3:length(rl)]　#dl[1]とdl[2]には、motif名、urlなどの情報があるので除いておく
}

#1番のリストから遺伝子名を取り出す。
na.omit(unlist(gs_list[[1]]))

リストの出力結果　　

==========================出力=======================================
  [1] "MEF2C"     "ATP1B1"    "RORA"      "CITED2"    "APP"       "MAP3K4"   
  [7] "ATP2B4"    "GRIN2B"    "PHTF1"     "TLK1"      "PHOX2B"    "MYH2"     
 [13] "SKP2"      "ZHX3"      "TGIF1"     "LUC7L3"    "PPARGC1A"  "TSC22D4"  
 [19] "SPAG9"     "MAPK3"     "PDGFRB"    "EFNA5"     "RAB10"     "NEK6"     
 [25] "LOC148872" "EPHB2"     "TBC1D8B"   "DMD"       "EGFLAM"    "DYNC1I2"  
 [31] "MAML3"     "TRAM1"     "CDC42EP3"  "OLFM1"     "CDC42EP5"  "KLF12"    
 [37] "RSPO2"     "KLF14"     "NTRK3"     "EPHA7"     "SEMA6C"    "SFRP2"    
==========================出力=======================================

readLines、知らずに適宜shellでパースしてましたが、簡単にできますね。