　結論は、Movable Type 7 : テーマ(初期デザインテンプレート) の "Eiger" を使用すればヘッダーやトップページの内容を簡単にカスタマイズできます。
詳しくはこちらで解説してあります。Movable Type 7 Manual
以下、戸惑った点をいくつかあげておきます。

1: それまで使用していた css は無効になり、新らたに別のディレクトリーにされます。場所はテンプレートで確認できます。

2: 当然ながら、記事等の中で使用していた css は、新たな css に追加する必要があります。

3: HTMLヘッダーは、初期状態では必要最小限の内容しかないので、それまで使用していた js ファイル等は追加します。viewport を設定する必要はありません。

4: HTMLブログヘッダーはなかったので、それまで記途していた meta タグ等は、記事テンプレートに記途しました。(私の場合)

5: サイドバーテンプレートも有りません。おそらく、それに相当するテンプレートが、"関連コンテンツ" というテンプレートだと思います。インデックス用とブログ用があります。

6: 記事の作成場所は、初期状態では、/サイト/blog に設定されてるようなので、既存の記事の保存場所がそうでない場合、初期状態の変更、もしくは, 既存の記事の保存場所からリダイレクトしなければ 404 Not Found エラーがでます。

7: 私がカスタマイズしたテンプレートは、"バナーヘッダー" "ナビゲーション" "関連コンテンツ" 位のものです。

以前の記事は手作業での手順を記途したもので、実際には当然ながら css の追加、変更を伴うもので、あらゆるコンテンツに対応するには大幅な変更を要していました。