発行時に以下のようなメッセージが出て発行が失敗する事がありました。

npm install
- moment@2.20.1 node_modules\moment
- angular2-router-loader@0.3.5 node_modules\angular2-router-loader
- moment-timezone@0.5.14 node_modules\moment-timezone
node node_modules/webpack/bin/webpack.js --config webpack.config.vendor.js --env.prod

原因

プロジェクト直下にある以下のファイルが影響していました。
npm-shrinkwrap.json

JS追加時に、package.jsonにJSを追加しかしておらず、npm-shrinkwrap.jsonには追加したJSへの参照が無い状態でした。

この状態でnpm install　を行った場合、npm-shrinkwrap.jsonにないJSパッケージは削除されるようです。

ということで、以下コマンドを走らせnpm-shrinkwrap.jsonを再作成しました。
npm shrinkwrap

今度はJSが消えることなく発行が成功しました。

npm WARN install Couldn't install optional dependency: Unsupported