AutoMapperを使用したアプリをWindows Serverに配置して実行しようとしましたが以下のようなエラーが出て困りました。

ビルド（publish）

.net coreではexeファイルを作るのではなくて、publishでdllを作成してdotnetコマンドで動作させるようです。
.NET Core Application Deployment | Microsoft Docs

dotnet publish command - .NET Core CLI | Microsoft Docs

実際にpublish

VisualStudioの発行コマンドでやってもうまくいかなかったので、コマンドラインでやりました。

プロジェクトファイル（*.csproj）が存在するフォルダにて、以下コマンドを実行
>dotnet publish -c Release -r win-x64

以下のフォルダに一式できますのでフォルダ毎サーバーの実行したいフォルダにコピーします。
\bin\Release\netcoreapp2.0

サーバーで実行します。

win-x64> dotnet appname.dll

Error:
  An assembly specified in the application dependencies manifest (FeedReader.dep
s.json) was not found:
    package: 'AutoMapper', version: '6.2.0'
    path: 'lib/netstandard1.3/AutoMapper.dll'

エラーが出ました。
AutoMapperが指定するパス’lib/netstandard1.3/’に無いとの事です。

散々探しましたが、ローカル開発マシンでは以下にAutoMapper.dllが存在し、ビルド時などはここを参照しているようでした。
C:\Users\UserName.nuget\packages\AutoMapper\6.2.0\lib\netstandard1.3\

サーバー上でも同じかと探しましたが、サーバー上にはありません。

↓のdeploymentの説明ページに目を戻すとSelf-contained deploymentがあり、必用な環境一式をpublishできるようです。
.NET Core Application Deployment | Microsoft Docs

↓の説明とオプションを良く見るとself-containedオプションが存在しました。
--self-contained
dotnet publish command - .NET Core CLI | Microsoft Docs

再publish

>dotnet publish -c Release -r win-x64 --self-contained

今度は、\bin\Release\netcoreapp2.0\win-x64\publish　の下にファイル一式が作成されました。
ファイルもself-containedを付ける前よりも大分増えてます。

サーバーで動作

dotnet コマンドで実行

> win-x64> dotnet appname.dll
>

今度は問題なくサーバーで動作しました。