Sublime Text 3のカラースキームの変更と作成をしてみます。
installした状態では、デフォルトのカラースキームになっているかと思います。

カラースキームの変更

カラースキームを変更する際にはSublime Textを開いている状態でメニュー部分から下記のように選択出来ます。
Sublime Text -> Preferences -> Color Scheme -> Color Scheme - Default -> 好きなカラースキームを選択

もしくは
Sublime Text -> Preferences -> Settings - UserでPreferences.sublime-settingsを開き下記を記述する事で変更出来ます。
"color_scheme": "Packages/カラースキームのファイル"

カラースキームの自作

カラースキーム用ファイルの設置場所

Packages以下に.tmThemeファイルを置くことで変更出来ます。
/Users/ユーザー名/Library/Application Support/Sublime Text 3/Packages

Sublime Text -> Preferences -> Browse Packagesを選択する事でもPackagesディレクトリを開くことが出来ます。

.tmThemeファイルは新しくディレクトリを作成しても、そのまま置いてもメニューなどに表示されます。

Packages/sample.tmTheme
Packages/sampleTheme/sample.tmTheme

カラースキーム用ファイル記述方法

詳しくは下記のサイトが参考になります。
Sublime Text Unofficial Documentation
Scope Naming – Sublime Text 3 Documentation

基本的には<array>以下に設定を記述していきます。
uuidとキーのセットは無くても動きます。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple Computer//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
  <key>name</key>
  <string>名前</string>
  <key>settings</key>
  <array>
  </array>
  <key>uuid</key>
  <string>キー</string>
</dict>
</plist>

settings部分の指定場所と主な設定項目

指定場所

<array>以下に設定項目と値を記述していきます。
色の設定はredやblueなどの形でも設定出来ます。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple Computer//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
  <key>name</key>
  <string>名前</string>
  <key>settings</key>
  <array>
    <dict>
      <key>settings</key>
      <dict>
         <key>設定項目</key>
         <string>値</string>
      </dict>
    </dict>
  </array>
  <key>uuid</key>
  <string>キー</string>
</dict>
</plist>

foreground

文字やスペースタブなどを押した際の色

background

背景の色

caret

キャレットの色

bracketContentsForeground

括弧内部にキャレットがある時に括弧下線の色

bracketContentsOptions

括弧内部にキャレットがある時に括弧下線の種類

<key>bracketContentsForeground</key>
<string>#4d5aaf</string>
<key>bracketContentsOptions</key>
<string>stippled_underline</string>

bracketsForeground

括弧の隣にキャレットがある時の括弧下線の色

<key>bracketsForeground</key>
<string>red</string>

tagsForeground

タグの下線の色

tagsOptions

タグの下線の種類

<key>tagsForeground</key>
<string>#ea5506</string>
<key>tagsOptions</key>
<string>stippled_underline</string>

findHighlight

find時の背景の色

findHighlightForeground

find時の文字の色

inactiveSelection

find時に途中までしか見つからなかった場合の文字の背景の色

aaで検索 -> aまでしか見つからない

gutter

ガター背景の色

gutterForeground

ガター文字の色

selection

選択領域の背景の色

selectionForeground

選択領域の文字の色

selectionBorder

選択領域のボーダーの色

<key>selection</key>
<string>#ea5506</string>
<key>selectionForeground</key>
<string>#4d5aaf</string>
<key>selectionBorder</key>
<string>#ffff00</string>

guide

ネストの際の縦線の色

shadow

Preferences.sublime-settingsに"word_wrap": falseを設定した上でSublime Text幅よりもテキスト幅が長い場合に表示される影の色

shadowWidth

上記と同じ影の幅
33以上にすると影が表示されない場合があります。

scope部分の指定場所と主な設定項目 scope名

指定場所

settingsとは別にscope用の<dict>以下に記述します。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple Computer//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
  <key>name</key>
  <string>名前</string>
  <key>settings</key>
  <array>
    <dict>
      <key>settings</key>
      <dict>
         <key>設定項目1</key>
         <string>値1</string>
         <key>設定項目2</key>
         <string>値2</string>
      </dict>
    </dict>

    <dict>
      <key>name</key>
      <string>名前</string>
      <key>scope</key>
      <string>scope名(comment tagなど...)</string>
      <key>settings</key>
      <dict>
         <key>scope設定項目1</key>
         <string>scope値1</string>
         <key>scope設定項目2</key>
         <string>scope値2</string>
      </dict>
    </dict>
  </array>
  <key>uuid</key>
  <string>キー</string>
</dict>
</plist>

foreground

指定したscopeの文字の色

fontStyle

指定したscopeの文字の種類

background

指定したscopeの背景の色

<dict>
  <key>name</key>
  <string>Sample</string>
  <key>scope</key>
  <string>comment</string>
  <key>settings</key>
  <dict>
    <key>foreground</key>
    <string>#e8d3c7</string>
    <key>fontStyle</key>
    <string>bold</string>
    <key>background</key>
    <string>#6e7955</string>
  </dict>
</dict>

scope名

指定出来るscope名の詳細は下記に記載されております。
Scope Naming – Sublime Text 3 Documentation

注意点

.tmThemeファイルを編集する際に下記の様に記述して適用させるとエラーでSublime Textが開けなくなります。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple Computer//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
</dict>
</plist>

その場合はメニューなどからカラースキームを変更した後にSublime Textを再起動すると起動出来るようになります。