意外にもBoxSyncのデフォルトフォルダって変更できないのでこちらに覚え書き。
目的はMacに差したSDカードにBoxSyncディレクトリを作成して、資料をそこに置いてクラウドと同期したい。です。

OS X ElCapitan : 10.11.5
BoxSync : 4.0.7415

やり方はこちらのURLを参考にしました。
Can An Admin Change the Default Folder Location for Box Sync?
https://community.box.com/t5/Box-Sync/Can-An-Admin-Change-the-Default-Folder-Location-for-Box-Sync/ta-p/84

1.まずは既存のBoxSyncをアンインストール

(自分の環境では最後の com.box.sync.iconhelper は存在しませんでした)

2. ".plist" ファイルを作成する

テキストエディターを使います。Mac標準のでOK
テキストエディターを開いて以下のテキストをコピペします。
SyncRootFolder/Users//Desktop/Box Sync
/Users//Desktop/Box Sync を変更したいディレクトリに修正します。
(作成済みのディレクトリではダメです。あとでエラーになりました。ちなみに自分のSDカードで指定したパスは /Volumes/Data/BoxSync)
このテキストファイルを com.box.sync.plist という名前で Macintosh HD/Library/Preferences/ ディレクトリに**“プレーンテキスト”**として保存します。
（/Users/ユーザープロファイル/Library/Preferences とは違う別のディレクトリなので注意)

.plist で指定したディレクトリがBoxSyncディレクトリとして機能するようになります。