割と混乱したのでまとめておきます。
Appleの対応イマイチですね。

忙しい人のための時系列まとめ

2019/9/25(水) 突然AppleからDeveloper向けにTier変更メールが来る
変更後Tier

※Tier: App Storeで有料アプリを出したり、アプリ内課金をする際にAppleが定めた価格表のこと
　　　　iOSアプリ開発者はこの価格表以外の価格で販売することはできない

2019/10/1(火) 日系企業がTier対応のためメンテナンスに入る
　　　　　　　　が、変更されず
2019/10/2(水) 9：30頃、突如反映

突然のメール

7日ほど前に、突然こんなメールが来ました。

Dear EverGree,

When taxes or foreign exchange rates change, we sometimes need to update prices on the App Store. Starting October 2019, the Japan Consumption Tax (JCT) will increase from 8% to 10%, resulting in a price increase for apps on the App Store and in-app purchases (excluding auto-renewable subscriptions) in Japan. Once this change goes into effect, the Pricing and Availability section of My Apps will be updated and your proceeds will be increased accordingly. You can change the price of your apps and in-app purchases (including auto-renewable subscriptions) at any time in App Store Connect. For subscriptions, you have the option to preserve prices for existing subscribers.

Note that Apple does not administer the collection and remittance of JCT applicable to sales to customers purchasing content on the App Store in Japan. You will continue to be responsible for the collection and remittance of such taxes to the appropriate tax authorities, as may be required by local law.

View updated price tiers

If you have any questions, contact us.

Best regards,
Apple Developer Relations

和訳はちょっとしんどいので書きませんが、
要は「消費税上がるんで、価格表変えます。対応よろしく😁」です。

日本語
日本のApp Storeの価格に影響を与える税金の変更について

いつ？？？

アナウンスをどれだけ読んでも、いつ変更が実行されるのかが読み取れません。
多くのソシャゲ会社は10/1から臨時メンテナンスに入って、App Storeの価格変更に備えていました。
しかし、待てど暮らせど変更はされませんでした。

Appleの本社があるカリフォルニア州と日本の時差が16時間なので、
日本時間16時なのでは？？？　と思っていたらこれもハズレました。
正解は現地時間で１０/1 17:30頃。日本時間10/2 9:30でした。

ご参考
App Store、価格改定が反映されず　『FGO』など複数のタイトルでメンテナンス延長や一部アイテム販売が停止に

サブスクリプションについての誤解

以上はAppleの「これはひどい」対応の概要だったんですが、個人的に1番影響出たのはサブスクリプションの部分でした。

Starting October 2019, the Japan Consumption Tax (JCT) will increase from 8% to 10%, resulting in a price increase for apps on the App Store and in-app purchases (excluding auto-renewable subscriptions) in Japan.

この部分↓ですね。

a price increase for apps on the App Store and in-app purchases (excluding auto-renewable subscriptions)

ここ↓です。

(excluding auto-renewable subscriptions)

そう。
自動更新のサブスクリプションは値上げ対象外でした。
ちゃんと調べたら、サブスクリプションのTierは、他の課金要素のTierとは別テーブルでした。
そのテーブル表を見せたいところなんですが、App Store Connectの深いところにあって、リンクするのが難しいので、自分で探してください。
（すみません。。。公開リンクがあればコメントでこっそり教えてください）

教訓

Appleから来た英語の文章は、大まかに意味を把握してOKにしないで、隅々まで読む。

過去の対応

突然のApple Tier変更に伴い過去の増税や歴史をまとめてみたよ