以下の様に、CommandのNameに「glueetl」と指定することでSparkタイプで作成できます。
GlueJob:
Type: AWS::Glue::Job
Properties:
GlueVersion: '1.0'
Command:
Name: glueetl
ScriptLocation: !Sub >-
s3://<ソースコードのパス>
Name: <ジョブ名>
Role: <ロールのARN>
この指定が無いと、Python shellとして作成されてしまいます。