イマイチよく分かってないんだけど・・・

ActionBarをController上でカスタマイズ（変更）してしまうと、ViewXMLとTSSで定義されたActionBar上のメニューが表示されない・・・っぽい。

<Alloy>
	<Window id="window">
		<Menu platform="android">
			<MenuItem id="menu1" />
			<MenuItem id="menu2" />
		</Menu>
		<Label text="hogehgoe" />
	</Window>
</Alloy>

JSON

"#window": {
	backgroundColor: '#ccc',
	fullscreen: false
},
"MenuItem": {
	showAsAction: Ti.Android.SHOW_AS_ACTION_IF_ROOM,
},
'#menu1': {
	icon: Ti.Android.R.drawable.ic_menu_send,
	title: 'About'
},
'#menu2': {
	icon: Ti.Android.R.drawable.ic_menu_send,
	title: 'Settings'
},

この状態で、何もしなければちゃんとActionBarとメニューは表示される。
でも以下のControllerのようにイジってしまうと、メニューが表示されなくなる。

$.window.addEventListener('open', function() {
	var actionBar = $.window.activity.actionBar;
	actionBar.title = 'My App';
	actionBar.displayHomeAsUp = true;
	actionBar.onHomeIconItemSelected = function() {
	 	Ti.API.info("Home icon clicked!");
	};
});

色々試してみての現時点での結論

ViewXMLとTSSでActionBar上のメニューを実装するのを諦めた。Controller上でコードによる実装を行えば、ActionBarの設定変更とメニューの表示が両立できる。

// ViewXMLとTSSからメニューに関する記述を全部消した上で・・・
$.window.activity.onCreateOptionsMenu = function(e) { 
	var menu = e.menu; 
	var menuItem1 = menu.add({ 
		title : "Compose", 
		icon : Ti.Android.R.drawable.ic_menu_send,
		showAsAction : Ti.Android.SHOW_AS_ACTION_IF_ROOM 
	}); 
	menuItem1.addEventListener("click", function(e) { 
		Ti.API.info("Action Item1 Clicked!"); 
	}); 
	var menuItem2 = menu.add({ 
		title : "Update", 
		icon : Ti.Android.R.drawable.ic_menu_send,
		showAsAction : Ti.Android.SHOW_AS_ACTION_IF_ROOM 
	}); 
	menuItem2.addEventListener("click", function(e) { 
		Ti.API.info("Action Item2 Clicked!"); 
	}); 
	
	$.window.activity.actionBar.displayHomeAsUp = true;
	$.window.activity.actionBar.title = 'My App';
};

これならOKだった。よく分からん。

参考：http://developer.appcelerator.com/question/148137/menu-items-are-not-displayed-initially-in-an-action-bar-if-you-have-other-logic-with-action-bar