ずいぶん長い間謎だった案件が解決したので備忘録。

TL;DR

以下の環境変数を指定しましょう。
こうやってパスが指定してあれば、PORTは設定していなくてもMeteorアプリは起動します。

UNIX_SOCKET_PATH=/var/run/webapp/webapp.sock

vlasky@github先生に感謝。

注意点

~~パーミッションに注意してください。筆者の調べた限りUNIX_SOCKET_PERMISSION的な環境変数はまだ無いようで、~~追記：今ではあります。UNIX_SOCKET_PERMISSIONS=660といった形で書けるのでしっかり使いましょう。
出来上がるソケットのパーミッションはなんと 755 となります。
当然オーナー以外接続できないので、必然的にサービス定義ファイルで起動ユーザーを接続先サービスと同一にしておかねばなりません。

参考資料

バージョン1.5.2.1のChangelog
GitHubのIssue
同プルリク
~~なお、公式のドキュメントにはまだ書かれていません。~~ もう書いてあります